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菲律宾是世贸成员国，基本上能遵照乌拉圭回合农业贸易谈判逐步开放其农产品市场，制定市场准入、国内支持、卫生和检疫等规则。
1. 关税
作为世贸组织中的发展中国家，菲律宾被允许在1995年至2004年的十年时间内进行关税减让。菲政府在2000年1月颁布了334号行政令，承诺在2002年和2003年继续下调关税，目标是到2004年，除一些敏感的农产品外，几乎所有产品的税率在0至5％范围。根据菲律宾国家关税委员会的测算，2002年菲农产品关税总水平为12.57%，2003年降为11.62%，到2004年降低到10.56%。除关税外，进口农产品通常还需交纳10％的增值税。
一些农产品的进口通过关税配额控制其进口量。进口玉米和替代玉米的饲料，肉和肉制品，某些蔬菜如土豆适用关税配额，即配额内和配额外两种关税。配额内关税通常为3％－50％，且逐年递减，而配额外关税有些高达100％。
2. 专营和进口许可
国家粮食署是大米进口的唯一指定机构，并参与玉米的进口。国家粮食署近年来多通过国际招标方式从越南、泰国、中国等市场进口大米。
进口新鲜水果和蔬菜，事先需从菲农业部植物工业局获得进口许可。活牲畜，肉及肉制品的进口需事先从菲农业部动物工业局申请进口许可。
3. 检验检疫
--- 水果和蔬菜
出于检疫考虑，菲政府对所有新鲜产品要求进口许可。菲进口商凭相关发票和箱单向菲农业部植物工业局(BPI)申请进口许可证。菲植物检疫处进行审查并确认进口商资格后，颁发相关的进口许可。货物到达菲港口后，菲进口商须提交进口许可证及出口国的检疫证明，由菲检疫部门复验合格后方可入关。
菲方还特别对苹果、葡萄、洋葱、土豆等的离岸前处理和入关做了规定。如苹果，要求以封存的冷藏柜运输，在运输途中不允许打开。原产地颁发的植物卫生证明须随运，并附有证明水果未染有蛾虫、苹果蛆、圣琼斯介壳虫的澄清文件。在抵达菲港口后，先由菲植物检疫官员抽取必要的样品进行实验室观察，检验通过后才能获准通关。
对于某国外市场首次出口某一品种的蔬菜或水果到菲律宾，菲植物检疫部门规定必须进行虫害分析，并要求出口商提供以下信息：如作物的产地，耕作方法，害虫清单，农作物保护措施，包装，出口商名称和冷藏设备，现行的植物卫生证书出具程序，对其他国家出口程序等。据菲植物工业局官员介绍，虫害风险分析大约需要120天时间，菲方还将视情况对原产地进行考察，在综合分析后才最终决定是否颁发进口许可。
---肉和肉制品
为保护当地市场免受疯牛病和口蹄疫等疾病的影响，加强对进口肉类及家禽产品的管理，菲政府在2000年出台了新的政策和措施，规定：1)只有经菲农业部授权的外国肉类屠宰厂才能向菲出口肉类和家禽。这些屠宰厂必须遵守菲卫生部食品和医药局颁布的相关规定，如对使用食品包装材料、标签等要求。2)所有向菲律宾出口的肉类产品要求出具由出口国动物检疫部门颁发的国际动物检疫证书。3)只有在菲农业部注册并取得合格资质的进口商才允许进口肉类和家禽产品。4)所有肉类产品在装运发往菲律宾前，必须事先得到菲动物检疫局颁发的动物检疫许可证。该证有效期一般为60－90天。5)通关时，进口商须向菲农业部动物检疫局提交国际检疫证书和动物检疫许可证及其它必要的运输文件。在菲动物检疫局进行动物检疫并颁发了动物检疫检验证书后，菲海关才同意放行。6)菲农业部动物检疫局须向国家肉类检查委员会提供一份动物检疫检验证书副本。国家肉类检查委员会将视该证书提供的有关情况行使权力，有权在海关放行后48小时内对任何船运肉类和家禽产品进行抽检。
此外，对不是以鲜/冷藏/冷冻形式进口的加工肉类产品，必须是在菲卫生部食品和药物局进行注册后才允许进口。当地进口商负责向食品和药物局提供产品资料，如成份分析证书、产品和包装样品，以便于菲食品和药物局就该产品是否遵守本地食品规定及包装法律进行评估。 | 
